健康診断は、職場や自治体が行うもので、労働安全衛生法では「労働者は1年以内ごとに1回、定期的に検診すること」が義務づけられています(一定の要件を満たすパートも含まれます)。
それに対して人間ドックは、受診者が任意で受けるものです。
人間ドックは多くの検査項目を設けることで、健康診断では見つかりにくい危険因子を発見することを得意としています。
たとえば市町村によるがん検診では、胃がん、肺がん、大腸がん、子宮頸がん、乳がん対する検診が、対象年齢ごとに自治体が費用を補助し、行われています。しかし、人間ドックではもっと広範囲に検査を行うため、膵がんや甲状腺がん、食道がん、膀胱がんなどの発見につながる場合があります。