ムツゴロウと並ぶ有明海の珍魚が、見た目が「まるで映画のエイリアンのよう」といわれているワラスボ(スボ、ジンキチ/学名Taeniodes rubicundus)。ウナギのような長い体は内臓や血管が透けて見え、暗紫色でぬるぬるとしています。細かくとがった歯がむき出しになり、目は退化して凶悪な面構え。はあくまでもグロテスクである。右の腹鰭が合わさって吸盤状になっており、なんとムツゴロウやハゼクチ等と同じハゼの仲間。朝鮮半島、中国にも分布しますが、日本では有明海にしか見られません。
内臓を取ってうつぼのように干物にし、食べ易い大きさに切って揚げたり、あぶったりして食べます。ちょっと勇気が要りますが、実は刺身も美味だとか。

ミドリシャミセンガイ（Lingula anatina）は貝とは名がついていますが、全く異なる触手動物腕足類。数億年前からその姿のまま生存している地球上で最も古い「生きている化石」です。メカジャ（女冠者）とも呼ばれます。かつては海面をザルですくうと取れるほど沢山取れ、味噌汁のダシとして珍重されました。形が三味線に似ていて、美しい緑色をした付け爪のような二枚の殻を三味線の胴、殻から伸びた管状の部分(肉茎)を棹（サオ）に見立てています。
シャミセンガイの殻の成分は動物の骨の主成分である燐酸カルシウムと、エビの殻の主成分であるキチン質とが交じり合ったもの。国内で見られる生息地はほぼ有明海。
また同じ腕足類のオオシャミセンガイ(Lingula shantungensis)は、日本では有明海だけにしか見られません。ミドリシャミセンガイよりも一回り大きく、水深10m程度の砂泥質の海域に生息し、殻の色が茶色く、こちらは食用としません。

ヤマノカミは淡水カジカ類ヤマノカミ属（Trachidermus）の汽水・淡水魚で、国外では朝鮮半島南岸から中国南部まで分布していますが、日本では有明海湾奥部とその流入河川にのみ生息します。
日本に生息するヤマノカミは、近年行われている河川改修や河口堰の建設により個体数が減少したといわれ、環境省の「レッドデータブック」の危急種にランクされています。


アゲマキガイ（アゲマキ、チンタイガイ、ヘイタイガイJack knife clam/Sinonovacula constricta）は漢字では揚巻と書き、上代の日本人の耳の横で8の字に束ねられた髪型、花魁（おいらん）の髪型、鎧兜の結び目のことを「揚げ巻き」といい、この形に殻の形が似ていることから名がつけられました。やはり有明海と八代湾にしか生息していません。有明海の代表的な珍味の一つで、味噌汁も美味しいですが、バター焼き、塩焼きにすると独特の風味があり人気が高いため、養殖もされています。卵から孵化したての浮遊期には普通の二枚貝のような丸い形をしていますが、干潟に潜り始めると、急速に細長くなるのだとか。

他にも、エツ（Engraulid fish/Coilia nasus)、アリアケヒメシラウオ(Neosalanx reganius)やスミノエガキ(ヒラガキ、セッカ　Crassostrea ariakensis)など、有明海固有種として知られ、中でもウミマイマイ(Amphibolidaeょは一属一種、しかも世にも珍しい海生の有肺類（カタツムリの仲間）という特異な生物。有明海の特異性を象徴する重要な生物として保護活動が叫ばれています。